En cuanto al Seleccionado, Ortega debutó en el mismo en 1993, en un partido contra Alemania en Miami y reemplazando nada más ni nada menos que a Diego Armando Maradona. Ese día el Burrito usó la casaca número 17. De allí en más fue habitual jugador de la albiceleste participando en tres campeonatos mundiales de la FIFA.Ortega, es recordado por haber sido quien reemplazó en nuevamente a Diego Maradona luego de su suspensión en la Copa Mundial de Fútbol de 1994 y por ser uno de los últimos grandes exponentes del potrero argentino. Con esta camiseta participó de tres mundiales (Estados Unidos 1994, Francia 1998 y Cora-Japón 2002) y anotó 17 goles.
En el Mundial de Francia '98 enfrentando a la poderosa Inglaterra por los 8º de final, el Burrito tiró 4 caños deliciosos. Fantasías propias de un jugador como Ortega, que regala esos lujos en partidos calientes y en certamenes tan importantes como lo es una Copa del Mundo. Es que el juego de Ariel, es ese, y nunca lo va a cambiar.
En una gira con la Selección, a la hora de repartir las habitaciones, a Maradona le dieron una para él solo. Pero el Diez pidió: "Quiero estar con Orteguita". Ariel recuerda siempre que cuando Maradona se dormía, él se quedaba mirándolo. "Te hipnotiza, los ojos se te van hacia él", decia el Burrito.
