En agosto de 2006 volvió al club que lo vio nacer, su River Plate. En Octubre del mismo año solicitó ayuda profesional y de sus compañeros del club para tratar de salir de ciertos problemas personales que lo aquejan. Luego de dichos problemas volvió un 5 de Noviembre frente a San Lorenzo de Almagro, por la 14° fecha del torneo Apertura , con una actuación soberbia del equipo de River en el Monumental (5-0), el "Burrito" ingresó a los 22' del segundo tiempo y enseguida dio muestras del talento que lo caracteriza anotando un golazo picando la pelota al arquero rival (S.Saja).
En la pretemporada de enero de 2007 en la ciudad de Mar del Plata, trabajó, se esforzó por mejorar y se ganó un puesto para enfrentar a Racing Club por el Torneo de verano, partido en el que marcó un gol de penal.
El domingo 18 de marzo, Ariel Arnaldo Ortega, regresó al fútbol grande, dándole la victoria a River por 1 a 0 frente a Quilmes, con un gol sobre la hora y con la mano.
Una vez comenzado el 2008, Diego Simeone dijo: "Ortega será el capitán del equipo", cuando lo consultaron sobre quien era el elegido para llevar la cinta, esa que él tanto tiempo lució en el seleccionado argentino y en otros tantos equipos. "Está en una edad justa, ha pasado por un montón de situaciones, tiene hambre de ser el que todos conocemos y las responsabilidades hay que asumirlas y él está para eso", afirmó el Cholo.
River se terminaría consagrando campeón del Torneo Clausura, con Ortega como gran figura del equipo, siendo vital en casi todos los partidos del campeonato.
Pero una vez terminado ese torneo, Diego Simeone, contradiciendo las palabras que él mismo había dicho un tiempo atrás, decidió excluir del plantel al último ídolo de River. Sin lugar en el equipo, el Burrito fue cedido a préstamo a Independiente Rivadavia de Mendoza.
Simeone pagó muy caro echar a Ortega del equipo, ya que el Apertura fue su peor fracaso como DT. Por la ausencia de Ortega, jamás pudo encontrar el funcionamiento del equipo, tanto que a la 10º fecha del torneo, River ocupaba el último lugar de la tabla, siendo el peor arranque en la historia del glorioso River Plate.
